Carlos Morla Vicuña lo describió como «docto maestro, fidedigno historiador, culto literato, orador persuasivo y distinguido». Diputado y ministro, profesor del Instituto Nacional y de la Universidad de Chile, Amunátegui fue un reconocido liberal que rechazó el legado colonial y perseveró en la ampliación de la arena política. Alcanzó notoriedad con su obra «La dictadura de O’Higgins». Con su trabajo investigativo contribuyó a las definiciones limítrofes con Argentina y Bolivia.
Su legado a Chile. La reforma del sistema educacional con la creación de la Sociedad de Instrucción Primaria (1856) y la firma del decreto que permitió a las mujeres optar a títulos profesionales (1877).